这些资料其实游戏里都能找到，我不过大致给懒得找的人归纳下：
剑冢、英雄剑冢：
邪恶的魔王藏在山中，勇敢的少年啊快去创造奇迹---正经的说，无主线。英雄剑冢有一段小故事，是叶英因为无法拦阻门下与霸刀发生冲突，于是派人去剑冢查看叶家与柳家渊源，得知其实当年藏剑武学正是由霸刀柳老爷子提点而来。
天工坊：
对机关术极有研究的司徒一一来到万花谷后建立，用以研究制造各种机关，后来心高气傲的司徒因与僧一行比试机关术落败而心生嫉恨。恰逢蓬莱岛少主方鹤影来到万花谷，对万花谷主东方宇轩怀恨在心的他与司徒一拍即合，之后方鹤影更命手下方季常以蓬莱秘药控制万花哑仆，煽动几次希望入谷被拒的江湖丹士平三指以炸毁三星望月。
三才阵：
商仲永乃是天策军师朱剑秋之徒，幼便有神童之称，深谙兵法韬略，尤其擅长布阵之术。但他总觉自己笼罩在师父阴影之下，不能施展身手。神策将领邓文峰发现这点之后，便策动年少轻狂的商仲永，在北邙山中布下天地三才阵，暗中训练神策，想与师父一决高下，以证明自己。
空雾峰：
谢云流到东瀛之后，受藤原广嗣的暗中资助，创立中条一刀流（吕洞宾曾在中条山修行，此名也有谢云流不忘师恩之意），但野心勃勃的藤原并不愿意让一刀流一直被谢云流掌握。在名剑大会之时，谢云流回到中原，藤原趁机掌握一刀流实权，后来发觉谢云流与中原有化解恩怨之意，便他秘密派出鬼影小次郎化妆成谢云流模样前往纯阳作害。
一方面时绝了谢云流的回头路，一方面也是借机清除仍死忠于谢云流的鬼影小次郎。这时，神策军得知谢云流现身空雾峰，便利用各种手段进入纯阳，又害怕无法对付强势的纯阳宫，便欺骗铜钱会空雾峰藏有大量宝藏而利用其扰乱视线。
灵霄峡：
灵霄峡原本是少林普通弟子面壁思过之处，但是这一支自从神策部队却突然打着奉旨招募僧军的旗号在此驻营。实际上，这支神策军乃是当年明教烈火旗旧部，明教被**剿灭后，这些烈火旗弟子便隐姓埋名躲在神策军中，这次来到少林，乃是希望能够从灵霄峡开出一条密道通往达摩洞，救出当年光明寺一役后被关在达摩洞中的几位明教长老。
无盐岛：
无盐岛是十二连环坞中无盐寨的总寨所在地，七秀内坊首领李裹儿为了报复当年害得自己隐姓埋名漂泊多年的李隆基和打伤自己的七秀外坊，便暗中指示弟子杜姬欣本以色相勾引无盐寨大当家钱宗龙，以图后事。
荻花宫前山\英雄荻花宫前山：
荻花宫是红衣教在中原较大的行宫之一，荻花宫每月初五都会召一批年轻美貌的女子入宫。可这次荻花宫却捅了马蜂窝，竟将叶婧衣抓入宫中---这叶婧衣同时兼具“阎王贴”肖药儿外孙女、藏剑六小姐、"长风万里"卫栖梧爱侣三重身份，于是各大势力都将眼光对准了这里。（荻花宫前山的卫栖梧是与叶婧衣日久生情的红衣教看守假扮的。）
日轮山城：
这个比较复杂，算是50年代剧情最复杂的副本了。日轮山城最初只是一个大唐和东瀛商业中转的岛城，城中宿有两派---保守派和斩左派，保守派主张以日轮城为要地，发展日唐商业贸易途径，拓展海外航运和商业资源来往，以富国；斩左派则较激进，其主张海外扩张和军事商业手段，同时对中原丰厚资源虎视耽耽。
本来城中是保守派占优，这一切却在城主山崎藏人离奇暴亡后起了变化。斩左派领军人物源明雅成为城主后，日轮山城开始大范围改建，逐渐转化为一个具有军事特点的岛型壁垒。
源明雅为了增强其在中原势力需要得到各与当朝相反的势力和一些不满时局的得力人士的支持，秘密邀请中原众多掌权人士。
与此同时，此次秘宴的传闻却在中原武林中传开，中原各派怀着不同的目的来到日轮山城，原本跟随一刀流远赴东瀛的纯阳静虚一脉竟也出现在这里。更离奇的是，日轮山城原本掌握的三股海寇势力中的清水海寇村中出现了会让人发疯的怪病，岛上三足鼎立之势被打破，余下两股海寇各有心思。
最终，万花阿麻吕暗中放火烧毁日轮山城（其实他正是山崎藏人的儿子，山崎君麻吕），源明雅无力独自击败众多武林人士，不得已撤出了日轮山城---这才有了英雄日轮山城的故事。
风雨稻香村/英雄风雨稻香村：
宇文叛军得知稻香村中藏有武林秘笈空明决的秘密，于是勾结天一教袭击稻香村，出身稻香村的各武林人士闻讯回村救援。（其实空明决老早就被毛毛和莫雨从墓里偷走了。）
英雄天工坊：
在天工坊一役后，方鹤影不甘失败，联合天一教，暗中召回司徒一一，再度向东方宇轩发起了挑战。
英雄三才阵：
三才阵被攻破后，宇文叛军暗中潜入北邙山，重新布下军阵，更从高丽请来火药名家，妄图借助火器，欲一举击败天策府。
英雄空雾峰：
韦后之乱后，江南名门梅家因遭受牵连惨遭灭门，幼子梅剑雄为家仆冒死救出，后随李重茂远遁东瀛。梅剑雄到东瀛后更名雾隐剑藏，修习梅家剑法，并与东瀛忍术相结合，创立雾隐流，成为藤原广嗣麾下得力大将。这次梅剑雄奉藤原之命，借口有谢云流消息而进入纯阳宫，趁机偷走秘笈《坐忘经》，众多武林人士闻讯前来于将其伏诛，却反被其所困。（其实当年梅老爷子也没死，在灵隐寺出家了。）
英雄灵霄峡：
华鹤炎的计划暴露后，少林寺向**一再抗议，自知理亏的神策军只好撤出少林，天竺菩提会却误以为灵霄峡中藏有少林寺的秘笈宝藏，派遣神十二宝树王中的常胜并勾结了暗藏在寺里的慧钟和尚霸占灵霄峡。
英雄无盐岛：
钱宗龙死后，无盐寨水贼逐渐散去，神策将领庞虎文却污蔑七秀坊与十二连环坞勾结，抓捕了众多七秀弟子。其实庞虎文的哥哥当年在七秀坊作恶被小七当场诛杀之后，其便一直怀恨在心，为报仇雪恨，他便勾结军中女将杨心羽占领了无盐岛。
英雄日轮山城：
源明雅撤出日轮山城后，藤原广嗣趁机侵占日轮山城，得知此消息的源明雅率部杀回，欲夺回城主之位，而得知源明雅未死的阿麻吕也回到山城意欲报仇雪恨。
其实阿麻吕之父是死于藤原之手，清水村的瘟疫、派往各大门派的密信也均是藤原一手导演，源明雅和阿麻吕均不过是任其摆弄的棋子。
宫中神武遗迹：
背景就不多说了，简单的讲，谢云流有意与李忘生相谈，为了避免谢云流回到中原武林，藤原广嗣先秘书五大门派谢云流欲在宫中神武遗迹约见各派人士，又发出消息诬陷谢云流欲借机杀害中原武林人士，最后派人两支人马分别偷袭中原各派代表和谢云流，两支人马见面后果然中套，当场几乎打了起来，静虚大弟子洛风更是死于纯阳祁进之手，谢云流与中原众人之仇此后便越发难以化解了。
持国天王殿：
持国天王殿座落于少林达摩洞的第一层，灵霄峡中明教、菩提会相继折戟，菩提会十二宝树王中的智慧王却越发肯定达摩洞中必定少林不可告人的秘密，于是哄骗死于灵霄峡的神策将领华鹤炎之妹华秋儿和众多武林人士再度潜入达摩洞。
战宝珈蓝：
这个相信剧情大家都很清楚了，这里只说一点---阳宝珠是阳宝哥和阿诛收养的孤儿，不是两人的女儿。
天子峰：
天子峰是当年剑圣与方乾一决高下之处，在此两人分别进行了剑术、拳脚、棋艺、轻功、内力的切磋，最后在天子峰之巅的决战中方乾因大意以半招之差输给了剑圣。方乾虽败，但心高气傲的他在天子峰的绝壁之上刻下了自己对剑圣武功的破解之法，以表示自己并非技不如人而只是一时大意。
方乾书童方宇谦从海外归来，居住在天子峰，研习方乾当年的武学，希望能够击败剑圣一雪师恨。这里只提一点，普通天子峰发生的时间实际是玩家正式进入剑网3世界的十几年前，这是真正的穿越本。
英雄天子峰：
方鹤影在经历两次失败后仍不甘心，来到天子峰希望借方乾的武学击败东方宇轩。原来方鹤影自幼就钟情于方碧玲，可是方碧玲却被许配给东方宇轩，之后却又因重重误会导致东方宇轩难以接受方碧玲。得知心爱的方碧玲被人冷落独居于绝情谷中，方鹤影无法按捺心中的愤恨，才来到中原导演了万花谷中一幕幕阴谋。
顺便说下另外两个BOSS的剧情。
程敖乃是昔日大唐元勋程咬金后人，却在韦后专权颁诏裁撤天策府时，带领亲兵卫队和一帮江湖侠士夜闯神策营，杀死负责裁撤事宜的神策主将。
此事后，程敖被打入死牢，幸亏不久之后韦氏之乱平息，睿宗李旦感念程家忠贞，想赦免程敖，但又碍于神策势力不满，只得将其交由天策府自行发配。天策继任将军李余庆深知这是借刀杀人之举，无奈之下将程敖等人关进了天策禁地封狼殿。
数年前，在神策诱惑下，程敖的副将一时冲动带领手下发动了叛乱，后叛乱被天策现任将军李承恩平息。
程傲虽为涉及此事，却是百口莫辩，只好带着百余手下悄然入天子峰。 程敖逃离之时**震怒，令天策必将程傲等人捉拿归案，以正朝纲。
李承恩只好遵旨行事，遂命徐长海带领天杀营捉拿程敖。长达数年的秘密追查之后，徐长海终于在天子峰上找到了程傲，徐长海虽然对程敖老将军万分尊敬，可是皇命难为，二人被迫兵戎相见。
七秀内坊首领李裹儿为报毁容之仇，长期软禁同宗姐妹李裳秋，后来李裳秋侥幸逃离魔爪，年轻时那股想要燃尽一切的复仇怒火却早已熄灭，甚至不愿再回想起悲惨的过去，只想隐居于天子峰上安然度过残生。
